Неврологическое отделение открылось 18 января 1988 года на базе МСЧ ЯЗДА для оказания специализированной помощи жителям Заволжского района города Ярославля с заболеваниями нервной системы. Отделение было развёрнуто на 60 коек. С 1988 года по 2018 й год отделение возглавляла Королёва Лариса Николаевна. За время работы отделения были открыты кабинет психофизиологической разгрузки, зал ЛФК, физиокабинет, массажный кабинет, кабинет мануальной терапии, иглорефлексотерапии. В отделении выполнялись ЭЭГ, ЭНМГ-исследования. За время работы отделение стабильно показывало высокие качественные и количественные показатели.  В настоящий момент в отделении организованы круглосуточный стационар и стационар дневного пребывания. С 2018го года отделение возглавляет Нагорнюк Кирилл Дмитриевич.